Bundesbehörden sind in Deutschland Behörden des Bundes. Sie nehmen Aufgaben der bundeseigenen Verwaltung in Deutschland wahr. Zu den Bundesbehörden zählen die nicht rechtsfähigen Behörden der unmittelbaren Staatsverwaltung sowie voll-, teil- oder nichtrechtsfähige Anstalten, Körperschaften und Stiftungen der mittelbaren Staatsverwaltung. Einige sogenannte Bundesanstalten sind, entgegen ihrem Namen, keine Anstalten des öffentlichen Rechts (siehe Bundesanstalt #Terminologie). Keine Bundesbehörden sind die militärischen Dienststellen der Streitkräfte. Sie nehmen keine Aufgaben der öffentlichen Verwaltung wahr und fallen daher nicht unter den Behördenbegriff.
Grundsätzlich führen die Länder die Bundesgesetze als eigene Angelegenheit aus (Art. 83 GG). Auch wenn die Länder die Bundesgesetze im Auftrag des Bundes ausführen, bleibt die Errichtung der Behörden grundsätzlich ihre Angelegenheit (Art. 85 Abs. 1 GG). Für Angelegenheiten, für die dem Bund die Gesetzgebung zusteht (Art. 73 und Art. 74 GG), können selbständige Bundesoberbehörden und neue bundesunmittelbare Körperschaften und Anstalten des öffentlichen Rechtes durch Bundesgesetz errichtet werden (Art. 87 Art. 3 S. 1 GG).
Erwachsen dem Bund auf Gebieten, für die ihm die Gesetzgebung zusteht, neue Aufgaben, so können bei dringendem Bedarf bundeseigene Mittel- und Unterbehörden mit Zustimmung des Bundesrates und der Mehrheit der Mitglieder des Bundestages errichtet werden (Art. 87 Art. 3 S. 2 GG). Aufgrund dieses dringenden Bedarfs wurde bislang keine Bundesbehörde errichtet.[1]
In bundeseigener Verwaltung mit eigenem Verwaltungsunterbau werden geführt der Auswärtige Dienst, die Bundesfinanzverwaltung und die Verwaltung der Bundeswasserstraßen und der Schifffahrt (Art. 87 Art. 1 S. 1 GG). Durch Bundesgesetz können Bundesgrenzschutzbehörden, Zentralstellen für das polizeiliche Auskunfts- und Nachrichtenwesen, für die Kriminalpolizei und zur Sammlung von Unterlagen für Zwecke des Verfassungsschutzes und des Schutzes gegen Bestrebungen im Bundesgebiet, die durch Anwendung von Gewalt oder darauf gerichtete Vorbereitungshandlungen auswärtige Belange der Bundesrepublik Deutschland gefährden, eingerichtet werden (Art. 87 Art. 1 S. 2 GG). Des Weiteren werden die Bundeswehrverwaltung (Art. 87b Art. 1 S. 1 GG), die Luftverkehrsverwaltung (Art. 87b Art. 1 S. 1 GG), die Eisenbahnverkehrsverwaltung für Eisenbahnen des Bundes (Art. 87e Art. 1 S. 1 GG), Hoheitsaufgaben im Bereich des Postwesens und der Telekommunikation (Art. 87f Art. 1 S. 1 GG) sowie die Verwaltung der Bundesautobahnen (Art. 87b Art. 1 S. 1 GG) in Bundesverwaltung geführt bzw. ausgeführt, die Bundeswehrverwaltung mit eigenem Verwaltungsunterbau.