Gerber besuchte das Gymnasium St. Augustin in Grimma. Nachdem er 1993 das Abitur bestanden hatte, studierte er Geschichte, Germanistik und Erziehungswissenschaften an der Universität Jena. Im Juni 2000 bestand er das 1. Staatsexamen für das Lehramt an Gymnasien. Ab August 2000 arbeitete er als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Geschichte des 19. und 20. Jahrhunderts. Von 2001 bis 2003 war er Promotionsstipendiat der Studienstiftung des Deutschen Volkes. 2003 wurde er bei Hans-Werner Hahn zum Dr. phil. promoviert. Ab 2003 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Geschichte des 19. und 20. Jahrhunderts der Universität Jena. Als Förderstipendiat forschte er 2009/10 am Historischen Kolleg in München.[1] 2013 habilitierte er sich an der Universität Jena. Im Wintersemester 2013/14 vertrat er die Professur von Michael Kißener am Historischen Seminar, Arbeitsbereich Zeitgeschichte der Universität Mainz[2]. Im Sommersemester 2015 hatte Gerber eine Vertretungsprofessur an der Universität Bonn inne, wo er Joachim Scholtyseck vertrat. Seit 2015 leitete er die „Forschungsstelle für Neuere Regionalgeschichte Thüringens“ an der Universität Jena. Seit 2020 ist er Leiter des Universitätsarchivs und der universitätsgeschichtlichen Forschungsstelle der Friedrich-Schiller-Universität Jena, nachdem er das Archiv bereits seit August 2019 kommissarisch geleitet hatte.[3][4]
Seine Forschungsschwerpunkte bilden die Landes- und Regionalgeschichte Thüringens und Mitteldeutschlands sowie die vergleichende Landesgeschichte, die Bildungs-, Hochschul- und Wissenschaftsgeschichte, der soziale und politische Katholizismus im 19. und 20. Jahrhundert, die Weimarer Republik und die Zwischenkriegszeit, die Religion in der Neuzeit sowie die Deutsche Revolution 1848/1849.
Gerber ist Mitglied verschiedener Kommissionen und Beiräte, u. a. der Historischen Kommission für Thüringen, der Vereinigung für Verfassungsgeschichte, des wissenschaftlichen Ausschusses der Kommission des Landtages für die Geschichte des Landes Rheinland-Pfalz,[5], der Preußischen Historischen Kommission,[6] des wissenschaftlichen Beirates der Wartburg-Stiftung und des wissenschaftlichen Beirates des Friedrich-Christian-Lesser-Kollegs. Er ist stellvertretender Vorsitzender des Vereins für Thüringische Geschichte e. V. und Mitglied der Redaktion der Zeitschrift für Thüringische Geschichte. Er fungiert gemeinsam mit Matthias Asche, Dietmar Klenke und Matthias Stickler als Mitherausgeber der „Abhandlungen zum Studenten- und Hochschulwesen“ (ASH). Gemeinsam mit Joachim Bauer, Jürgen John und Helmut G. Walther gibt er die „Quellen und Beiträge zur Geschichte der Universität Jena“ heraus.