ChEMBL oder ChEMBLdb ist eine manuell kuratiert chemische Datenbank von bioaktiven Molekülen mit wirkstoffähnlichen Eigenschaften. [1] Es wird vom European Bioinformatics Institute (EBI) des European Molecular Biology Laboratory ( EMBL ) auf dem Wellcome Trust Genome Campus in Hinxton, Großbritannien, verwaltet.
| Inhalt | |
|---|---|
| Beschreibung | Biologische Datenbank |
| Datentypen erfasst | Moleküle mit arzneimittelähnlichen Eigenschaften und biologischer Aktivität |
| Kontakt | |
| Forschungszentrum | Europäisches Labor für Molekularbiologie |
| Labor |  Europäisches Institut für Bioinformatik |
| Autoren | Andrew Leach, Teamleiter 2016-heute; John Overington, Teamleiter 2008-2015 |
| Primärzitat | PMID 21948594 |
| Veröffentlichungsdatum | 2009 |
| Zugriff | |
| Webseite | ChEMBL |
| URL herunterladen | Downloads |
| Webdienst- URL | ChEMBL Webservices |
| Sparql- Endpunkt | ChEMBL EBI-RDF-Plattform |
| Sonstiges | |
| Lizenz | Die ChEMBL-Daten werden in einer Creative Commons Namensnennung-Weitergabe unter gleichen Bedingungen 3.0 Unported-Lizenz zur Verfügung gestellt |
| Versionierung | ChEMBL_28 |
Die Datenbank, ursprünglich als StARlite bekannt, wurde von einem Biotechnologieunternehmen namens Inpharmatica Ltd. entwickelt, das später von Galapagos NV übernommen wurde . Die Daten wurden mit einer Auszeichnung von dem im Jahr 2008 für EMBL erworben Wellcome Trust , [2] , was zur Schaffung der ChEMBL Chemischen Genetik Gruppe am EMBL-EBI, angeführt von John Overington. [3] [4]
Geltungsbereich und Zugang
Die ChEMBL-Datenbank enthält Daten zur Bioaktivität von Verbindungen gegen Wirkstofftargets. Die Bioaktivität wird in Ki, Kd, IC50 und EC50 angegeben. [5] Daten können gefiltert und analysiert werden, um Verbindungs-Screening-Bibliotheken zur Identifizierung von Blei während der Wirkstoffentdeckung zu entwickeln. [6]
ChEMBL Version 2 (ChEMBL_02) wurde im Januar 2010 eingeführt und umfasst 2,4 Millionen Bioassay- Messungen für 622.824 Verbindungen, darunter 24.000 Naturstoffe. Dies ergab sich aus der Kuratierung von über 34.000 Veröffentlichungen in zwölf Fachzeitschriften für medizinische Chemie . Die Abdeckung der verfügbaren Bioaktivitätsdaten durch ChEMBL hat sich zu "der umfassendsten, die jemals in einer öffentlichen Datenbank gesehen wurde" entwickelt. [3] Im Oktober 2010 wurde ChEMBL Version 8 (ChEMBL_08) mit über 2,97 Millionen Bioassay-Messungen für 636.269 Verbindungen eingeführt. [7]
In ChEMBL_10 wurden die PubChem- Bestätigungstests hinzugefügt , um Daten zu integrieren, die mit der Art und Klasse der in ChEMBL enthaltenen Daten vergleichbar sind. [8]
Auf ChEMBLdb kann über eine Webschnittstelle zugegriffen oder über das File Transfer Protocol heruntergeladen werden . Es ist so formatiert, dass es für computergestütztes Data Mining geeignet ist , und versucht, Aktivitäten zwischen verschiedenen Veröffentlichungen zu standardisieren, um eine vergleichende Analyse zu ermöglichen. [1] ChEMBL ist auch in andere große chemische Ressourcen integriert, darunter PubChem und das ChemSpider- System der Royal Society of Chemistry .
Zugehörige Ressourcen
Zusätzlich zur Datenbank hat die ChEMBL-Gruppe Tools und Ressourcen für das Data Mining entwickelt. [9] Dazu gehört Kinase SARfari, eine integrierte Chemogenomics-Workbench, die sich auf Kinasen konzentriert . Das System enthält und verknüpft Sequenz-, Struktur-, Verbindungs- und Screeningdaten .
GPCR SARfari ist eine ähnliche Werkbank, die sich auf GPCRs konzentriert , und ChEMBL-vernachlässigte Tropenkrankheiten (ChEMBL-NTD) sind ein Repository für Open-Access- Daten zum Primärscreening und zur medizinischen Chemie, die auf endemische Tropenkrankheiten in den Entwicklungsregionen Afrikas, Asiens und der USA gerichtet sind Amerika. Der Hauptzweck von ChEMBL-NTD besteht darin, ein frei zugängliches und dauerhaftes Archiv- und Verteilungszentrum für hinterlegte Daten bereitzustellen. [3]
Im Juli 2012 wurde ein neuer Malaria-Datendienst veröffentlicht , der vom Medicines for Malaria Venture ( MMV ) gesponsert wird und sich an Forscher auf der ganzen Welt richtet. Die Daten in diesem Service umfassen Verbindungen aus dem Malaria Box-Screening-Set sowie die anderen gespendeten Malariadaten, die in ChEMBL-NTD gefunden wurden.
myChEMBL , die virtuelle ChEMBL-Maschine, wurde im Oktober 2013 veröffentlicht, um Benutzern den Zugriff auf eine vollständige und kostenlose, einfach zu installierende Cheminformatik-Infrastruktur zu ermöglichen.
Im Dezember 2013 wurde der Betrieb der SureChem-Datenbank für Patentinformatik an EMBL-EBI übertragen. In einem Portmanteau wurde SureChem in SureChEMBL umbenannt.
2014 wurde die neue Ressource ADME SARfari eingeführt - ein Tool zur Vorhersage und zum Vergleich speziesübergreifender ADME-Ziele. [10]
Siehe auch
- ChEMBL: Schnelltour mit dem EBI Train OnLine
- ChEBI
- DrugBank
Verweise
- ^ a b Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: eine umfangreiche Bioaktivitätsdatenbank für die Wirkstoffentdeckung" . Nukleinsäureforschung . 40 (Datenbankproblem): D1100-7. doi : 10.1093 / nar / gkr777 . PMC 3245175 . PMID 21948594 .
- ^ "Open-Access-Datenbank zur Wirkstoffentdeckung startet mit einer halben Million Verbindungen | Wellcome" . wellcome.ac.uk . 18. Januar 2010 . Abgerufen am 31. August 2019 .
- ^ a b c Bender, A (2010). "Datenbanken: Zusammengesetzte Bioaktivitäten gehen an die Öffentlichkeit" . Naturchemische Biologie . 6 (5): 309. doi : 10.1038 / nchembio.354 .
- ^ Overington J (April 2009). "ChEMBL. Ein Interview mit John Overington, Teamleiter, Chemogenomik an der Außenstation des European Bioinformatics Institute des European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview von Wendy A. Warr". J. Comput.-Aided Mol. Des . 23 (4): 195–8. Bibcode : 2009JCAMD..23..195W . doi : 10.1007 / s10822-009-9260-9 . PMID 19194660 . S2CID 2946417 .
- ^ Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (24. Oktober 2011). "Mining der ChEMBL-Datenbank: Ein effizienter Chemoinformatik-Workflow zum Aufbau einer auf Ionenkanäle ausgerichteten Screening-Bibliothek" . J. Chem. Inf. Modell. 51 (10): 2449–2454. doi : 10.1021 / ci200260t . PMC 3200031 . PMID 21978256 .
- ^ Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (März 2008). "Lehren aus der Zusammenstellung von Screening-Bibliotheken zur Wirkstoffentdeckung für vernachlässigte Krankheiten" . ChemMedChem . 3 (3): 435–44. doi : 10.1002 / cmdc.200700139 . PMC 2628535 . PMID 18064617 .
- ^ ChEMBL-og (15. November 2010), ChEMBL_08 Veröffentlicht , abgerufen am 15.11.2010
- ^ ChEMBL-og (6. Juni 2011), ChEMBL_10 Veröffentlicht , abgerufen am 09.06.2011
- ^ Bellis, LJ; et al. (2011). "Zusammenstellung und Data-Mining von Literatur-Bioaktivitätsdaten für die Wirkstoffentdeckung". Transaktionen der Biochemical Society . 39 (5): 1365–1370. doi : 10.1042 / BST0391365 . PMID 21936816 .
- ^ Davies, M; et al. (2015). "ADME SARfari: Vergleichende Genomik von Arzneimittelmetabolisierungssystemen" . Bioinformatik . 31 (10): 1695–1697. doi : 10.1093 / bioinformatics / btv010 . PMC 4426839 . PMID 25964657 .
Externe Links
- ChEMBLdb
- Kinase SARfari
- ChEMBL-vernachlässigtes Tropenkrankheitsarchiv
- GPCR SARfari
- Der ChEMBL-og Open-Blog zur Daten- und Wirkstoffforschung, der vom ChEMBL-Team betrieben wird.
